PYTHON FOR BIOINFORMATICS

Segunda Edición

Una sólida introducción a la programación con Python, muy accesible para los lectores sin experiencia previa en programación. Python for Bioinformatics está pensado para biólogos, bioinformáticos y otros profesionales de las ciencias de la vida.

Contenidos del libro

El libro contará con cuatro secciones principales:


  • Python desde cero: Conceptos básicos de programación, instalando Python, modo interactivo, editores, tipos de datos (cadenas, Unicode, listas, tuplas, diccionarios, conjuntos), control de flujo (If-Else, For, While), funciones, generadores, modulos, uso de archivos incluidos CVS, JSON y archivos de operaciones, manejo de errores y programación orientada a objetos.
  • Biopython: Los modulos más importante explicados con ejemplos de uso.
  • Una sección con tópicos avanzados tales como: desarrollo web (CGI y Bottle), XML, base de datos (MySQL, SQLite y MongoDB), REGEX y gráficos (Bokeh).
  • Recetas de Python con código comentado.

Nota: El libro está desarrollo, por lo tanto el contenido puede variar.

¿Por qué una segunda edición?

Hubo muchos cambios desde la primera edición que fue escrita en 2009. La actitud de la empresa y el apoyo al software de código abierto en general y a Python en particular ha cambiado drásticamente. Microsoft soporta Python, como un ciudadano de primera clase, en su desarrollo de Visual Studio y en Azure. La versión actual de Python es 3.6. El desarrollo de software colaborativo con Git y Github es la norma. El desarrollo web es otra área que cambió significativamente durante los últimos siete años. Los frameworks reemplazaron a CGI/WSGI y las aplicaciones basadas en middleware. Aparte de la evolución del software, el autor ganó experiencia en desarrollo durante un proyecto de secuenciación genómica que formaba parte de un consorcio internacional y como Senior Software Developer en una compañía que el NYSE.

El Autor

Sebastián Bassi es un biotecnólogo con experiencia tanto en desarrollo de software como en investigación bioinformática. Trabajó en una compañía líder de biotecnología donde realizó la base de datos de marcadores moleculares y en un instituto de investigación nacional donde participó en el proyecto internacional de la Secuenciación del genoma del tomate. Ambas posiciones involucraron el desarrollo en Python y la manipulación intensiva de datos biológicos. Creó la aplicación web para consultar una base de datos de micro ARN, que fue publicada en BMC Biología Vegetal . También trabajó en la primera distribución de Linux para bioinformática (DNALinux) . Actualmente está haciendo trabajo de consultoría para Globant, asignado a PLOS. Es Arquitecto de Soluciones Certificadas de AWS y frecuentemente es invitado a conferencias de Python.

Sebastian Bassi with DNA sequencer

El código

Todos los ejemplos de código que se encuentran en el libro están disponibles en Github o como una notebook de Jupyter que se puede ejecutar en línea.
El libro está en desarrollo, sólo el parte del código fuente está disponible en este momento.
(El código fuente para la primera edición todavía se puede encontrar aquí)

Código en Github.

Ir a la página del libro en Github y hacer click en el botón verde "Clonar o descargar". El proyecto incluye todos los archivos .py listos para ser ejecutados localmente y archivos complementarios utilizados en el libro.

Jupyter Notebook

El código se puede ejecutar en línea en Microsoft Azure Notebook (se requiere una cuenta, es gratuita). Las notebooks de Jupyter (en formato .ipynb) también se pueden descargar desde el directorio Notebooks y ejecutarse localmente si se tiene Jupyter instalado.